刘士勇

副教授

博士生导师

硕士生导师

在职信息:在职

所在单位:物理学院

学历:研究生(博士)毕业

学位:博士学位

学科:生物物理学
理论物理

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科学研究

研究领域

  •        由于RNA可以折叠成各式各样的三维结构,因而蛋白质-RNA之间形成的复合物也如蛋白质-蛋白质复合物一样复杂,蛋白质-RNA复合物结构预测与蛋白质-蛋白质复合物结构预测一样仍然很困难。因此,申请人开发了自由对接算法3dRPC (Sci Rep, 2013)与基于模板的算法PRIME(PLoS computational biology, 2016)。而基于模板的工作首次揭示了蛋白质-RNA复合物结构之间的序列-结构联系,并发现存在一个转变点。此外,通过序列分析发现了一些识别RNA结合蛋白质(RBP)的重要特征,实现了一个高精度的RBP预测算法RBPPred (Bioinformatics, 2017)。在这些工作中,我们发现RNA的结构非常重要,进一步猜测RNA结构可能在编码潜能中发挥重要作用,利用CTD编码特征来描述RNA的折叠结构,实现了RNA编码潜能评估算法CPPred(Nucleic Acids Research, 2019)。研究表明,T2C0GCCTD编码的特征)在RNA编码潜能的预测上具有重要作用。CPPred在人类,小鼠,斑马鱼和酿酒酵母测试集上,具有高的准确性,然而,CPPRed在这些物种的短的RNA序列上(sORF)具有特别的优势,比之前开发的工具有一个比较大的提升。

    截止20201212日,申请人在PNASPlos computational biologyProteinsBioinformaticsNucleic Acids Research等期刊上发表论文28篇,Google Scholar引用总数为871次,H-index15

    团队目前共有博士生2名、硕士1名。已经毕业硕士1名和博士3名。相关软件、论文等更多信息见课题组网址http://rnabinding.com 

     


地址:湖北省武汉市洪山区珞喻路1037号 邮政编码:430074

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